Alguien sabe por que mi terminal subraya de amarillo y rojo algunas carpetas o archivos Espero puedan apoyarme !! ![]( Anexo fotos

Creo que se debe a los permisos que tiene cada archivo. Ej en tu carpeta "Documents/Nominas" las carpetas en amarillo tienen todos los permisos (777) y los que no están en ese color no. Seguramente si haces "ls -l" en "Documents/Nominas/2016" los archivos en rojo tendrán igualmente diferentes permisos que los que aparecen en blanco.