¿En ese orden de ideas, en todo el archivo .css tanto para px, %, em – en alto, ancho, tamaño de fuente etc, se debe reemplazar por rem ?

se recomienda rem por que cuando una persona cambia de dimensiones de pantalla lo único que se debería hacer es cambiar el root y eso podría hacerse con los media quieres, sin afectar las otras pantallas

Hola, no necesariamente, utilizar rem es recomendable para los tamaños de fuentes, pero no lo es para dimensiones como el ancho de un elemento porque si el usuario cambia el tamaño de fuente te cambiará esa dimensión y se te puede romper el diseño.

Cada unidad tiene su utilidad.