Si uso Ckeditor. Entonces como hago para guardar el formato, y no guardar las etiquetas en la base de datos?

Puedes usar la combinacion de varias funciones:

strip_tags($ckeditorOutput, '<p><a>');

Con la anterior retiras caracteres de html que no quieres, y pasas un array de los que quieres pasar, ejemplo p y a. Esta lista puede ser larga y tediosa de armar, pero sirve.

Y ya cuando tengas depurado, pasas el resultado por htmlspecialchars(). asi:

htmlspecialchars(strip_tags($ckeditorOutput, '<p><a>'));

y eso seria lo que almacenas en DB.

la funcion para revertir la ultima codificacion es:

htmlspecialchars_decode