¿Ese porcentaje de las comisiones de las pasarelas, las debería asumir yo (como empresa) o lo debo aumentar al precio del producto?

Sobre la respuesta del profe,es verdad, pero una empresa puede tambien considerar la ganancia neta que se quiere obtener y cuadrar numeros o precios para que el cliente asuma una parte o el total del servicio de transaccion y asi obtener una ganancia neta determinada

Las comisiones las pagas tú como empresa porque regularmente es un porcentaje de cada transacción.

Ejemplo: si es 3% de la transacción, no importa el precio que le pongas al producto, la pasarela va a cobrarte a ti el 3% sobre el valor total. Lo descuentan en automático.