Entonces, ¿el “application.properties” sería como “.env” de node?

Desconozco cómo se maneja el .env en note.

Estoy entrando en este mundo de Spring y pienso también lo mismo, que este en este archivo se pueden definir las variables de entorno, en el caso de node como lo mencionas se utiliza un .env para diferentes ambientes (dev, prod). :)