Hola. Necesito hacer un mapa de Colombia en html5 en donde al pasar por diferentes departamentos con el mouse y me salga info. Gracias!

Quiza este post te sirva http://tecnato.com/mapas-interactivos-para-la-web-utilizando-inkspace-svg-y-el-plugin-jvectormap/ Saludos

Te recomiendo que uses http://d3js.org 
Slds

fácil podrias crear una especie de botones en los puntos de información y al hacer hover desplegar un div con información.. este div tiene que estar oculto, seria mi solución, saludos.