¿Es bueno trabajar con REM en partes como margin y padding?

Dependerá de como lleves tus proyectos y cálculos, ahora como dices es recomendable en font-size porq este es reponsiveo accesible para el navegador y el usuario. Utilizarlo en em paddin o margin no tendría nada de malo, pero recuerda que si modificar el valor modificarás tus elementos, para eso puede utilizar PX que no hereda valores.

Nel, trabajar REM en margins y paddings puede hacer que se te rompa tu código, si lo quieres hacer responsivo puedes usar flex, grid y la función calc

@lucasfrezzini Justo leí que es bueno REM solo para trbajar en fonts. Usar rem en width, height, margin,padding es mala practica

Depende lo que tengas que hacer, comúnmente llevamos todo al calculo de pasar las REM a px, con el clásico calculo, pero usamos REM sabiendo cual seria el resultado en PX, que al fin y al cabo es lo que se termina resolviendo en el browser.