Por ejemplo si uso MaterialUI dentro de mi framework como aplicó el atómic desing?

Te dejo este link: https://atomicdesign.bradfrost.com/

Allí encuentras un documento que puede ayudarte con el diseño atómico.

Hola

Creo que te gustará conocer la librería Cumplo. Esta librería está basada en Material UI y contiene componentes creados con la metodología de Atomic Design.

Te comparto también un par de blogs que hablan sobre la pregunta que tienes en particular. Saludos

• Implementing Atomic Design in Modern React Development.
• Diseño atómico en React / React Native usando una biblioteca de temas .

Saludos