Como se establece quien es el owner? Se hace al momento de deployar? Entonces la cuenta que estaba seleccionada en ese momento es el owner?

El owner lo estableces tú. En general coincide con el msg.sender que es la cuenta que está creando el contrato, pero puedes optar por otro owner si lo deseas, se hace por medio del código. Puede que la mayoría de los ejemplos que veas sean como mencionas, pero no se puede adaptar a tus necesidades.