¿Los empaquetadores solo se utilizan para proyectos de frontend o tambien se pueden utilizar para proyectos de backend?

En realidad, sí tiene sentido usar un empaquetador para el backend, aunque no sea taaan claro. . Es verdad que en el frontend aprovechamos el hecho de reducir la cantidad de archivos enviados desde el servidor, pero no es la única ventaja que ofrece un empaquetador. . El backend puede aprovechar un empaquetador para:

1. Transpilar código moderno (última version de ECMAScript) a código que puede ser soportado en cualquier entorno.
2. Minimizar, remover código muerto y otras cosas para optimización.
3. Sí, unificar el código en un solo archivo también, ya que sería más fácil de hacer deploy.

And so on. Solo serían algunos motivos, debe haber más.

Hasta el momento desconozco que se usen empaquetadores para el backend, si bien en nodejs tal vez es posible realmente no tiene sentido hacerlo puesto que el propósito de los empaquetadores es principalmente reducir el tamaño de los archivos que se envían al cliente, el backend no envía su codigo al cliente, a final de cuentas el codigo no va a dejar el server