¿Es mejor tener Docker Desktop en windows o Docker en una maquina virtual Linux?

Depende de tus necesidades y preferencias. Si necesitas ejecutar contenedores para Windows, es mejor tener Docker Desktop en Windows. Si prefieres trabajar con una distribución Linux y no necesitas contenedores específicos para Windows, es mejor tener Docker en una máquina virtual Linux.

Ufff, esta pregunta me ha hecho pensar mucho, después de hacerlo tantas veces creo que lo ideal es usar Docker Desktop apoyándote en WSL y te cuento mis razones.

1. Consume muchos menos recursos
2. Está más alineado co tu sistema operativo así que es más fácil interactuar con todo lo que tienes.
3. No debes darle tanto mantenimiento como a una máquina virtual.