¿E llamar “utils” al archivo con nuestros métodos, podría provocar confusiones y errores? ya que ya existe uno con ese nombre (también ha...

Hay formas de prevenir estos conflictos, si dos módulos tienen el mismo nombre, puedes usar alias y colocarles nombres diferentes, claro que para ello deberías usar NameSpaces (forma de dar origen de archivos con dot notation / notación de punto) o from para definir la ruta de origen.

Ejemplo:

import utils as pyutils
from app import utils as myutils