Hola, con el comando wget solo se pueden descargar archivos binarios, si no es asi ¿que otros archivos puedo descargar con este comando?

puedes descargar cualquier cosa.

Por lo general tengo entendido TODO lo que este dentro de una url, he visto casos que se puede descargar una pagina html entera

Si mauricio, justamente acabo de descargar un archivo binario.

el comando wget descarga cualquier tipo de archivo (HTML, JS, imágenes, ZIP, videos, etc.) que pueda accederse desde un navegador.

Incluso si lo programas, podrías descargar un sitio entero.