Cuando quieras crear archivos dentro de una carpeta la cual no sea la raíz para usarlos en tu proyecto como se muestra en el ejemplo

La verdad es mas fácil de lo que crees:
Saldrá que borraste el archivo al hacer un git status cuando no es así, solo lo metiste en otra carpeta

en realidad git detecta que borraste en archivo porque ya no tiene acceso a el, así que tendrás que agregar la carpeta como se muestra en el ejemplo y luego al hacer un git status saldra que agregaste la carpeta y que dentro de la carpeta esta el archivo

y ya con eso solo falta subirlo a github de la misma manera como se muestra en el curso de git y gihub
Curso profesional de Git y GitHub 2017
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